A Escola de Maricultura é estruturada em três bases principais: ensino técnico, minicursos e pesquisas aplicadas.

O ensino técnico é organizado em um curso de dois, contando com aulas teóricas e práticas. O currículo aborda estudos sobre fornecimento de formas jovens, licenciamento ambiental, legislação concernente à atividade, o beneficiamento, comercialização e distribuição do produto, a mecanização do sistema de cultivo, o monitoramento ambiental e a capacitação de maricultores em fazendas marinhas. O programa é destinado a maricultores que desejem aperfeiçoar seus conhecimentos ou a interessados em ingressar na profissão. A concepção desse curso foi feito a partir da iniciativa “Capacitação de Maricultores na Baia da Ilha Grande”, promovida pelo Projeto BIG  – Gestão Integrada do Ecossistema da Baia da Ilha Grande (ONU/FAO/INEA). 

Já os minicursos são módulos independentes, de duração variada. Os temas se revezam a cada semestre, podendo versar sobre abordagens específicas como nutrição ou licenciamento ambiental, ou cursos introdutórios a malacocultura ou piscicultura marinha.

A Escola de maricultura contará com laboratórios, cultivos experimentais e unidades produtivas que servirão às aulas práticas e também ao desenvolvimento de pesquisas visando o aprimoramento da atividade.

Espera-se que a Escola de Maricultura se torne referência em ensino e pesquisa no Brasil. A ideia é, inclusive, estabelecer programas de intercâmbio com instituições de pesquisa e maricultores de outras partes do país e do mundo.